Венцом расцвета Иоанно-Предтеченского монастыря (венцом зримым и осязаемым) стало построение в последние предреволюционные годы огромного собора во имя иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радосте».

Это редчайший случай, когда главный храм монастыря называют не так, как сам монастырь. Видимо, на то был особый Божий промысел – перед всеми грядущими скорбями ХХ века.

Очень символично название собора. Первое упоминание об иконе Божией Матери «Всех Скорбящих Радосте» находится в описи того, что в XVIII веке досталось женской обители от упразднённой мужской. Свияжский список иконы представляет собой копию известной московской святыни, прославившейся в XVII веке.

Инициатором возведения большого собора, который должен был решить серьезную проблему обители — отсутствия места для храмовой молитвы, была игуменья Апфия.

Собор был заложен в 1898 г. 17 апреля по старому стилю архиепископом Казанским Арсением, а освящен 24 сентября (ст.с.) 1906 г. архиепископом Димитрием. В освящении участвовал и настоятель соседнего Успенского монастыря епископ Иннокентий (будущий великий святой Иннокентий Херсонский, †1919 г.).

Возводил собор в 1896-1906 годах знаменитый в Казанской епархии архитектор Фёдор Малиновский. Весь Свияжск с изумлением наблюдал, как за считанные годы на его земле вдруг вырос огромный, небывалый собор. Роспись собора была осуществлена в 1914 году на средства московского фабриканта С.С.Мечникова (по другим сведениям С.С.Мешкова).

С революцией 1917 года для Свияжска наступило трагическое время лихолетья. В 1924 году монастыри были упразднены и на их территориях организованы совхозы. В 1997 году вновь начал действовать Успенский мужской монастырь, и братия во главе с настоятелем отцом Кириллом взяла на себя ответственность за реконструкцию храмов и зданий монастыря.

За последние четыре года на острове проведены масштабные восстановительные работы в рамках комплексной программы «Культурное наследие Татарстана: древний город Болгар и остров-град Свияжск» под руководством фонда «Возрождение». 18 октября состоялось его торжественное освящение, которое совершил митрополит Казанский и Татарстанский Анастасий.