О роде и происхождении преподобного Харитона не дошло никаких сведений. Известно только то, что он был учеником и сподвижником преподобного Евфимия Сянжемского (память 20 января) и во всем подражал ему. Вместе со своим учителем преподобный подвизался в молитве, посте и трудах: сам копал землю, садил овощи, рубил дрова, носил воду.

После кончины преподобного Евфимия, последовавшей около 1465 или 1470 года, по воле его управление монастырем перешло к преподобному Харитону. Около 40 лет продолжал он труды своего наставника и блаженно скончался 11 апреля 1509 года.