Родом из Великого Устюга. По удалении с родины (вследствие набегов диких черемисов) на одно пустынное место на берегу реки Ветлуги, он предался строгим подвигам отшельничества. Изредка посещали пустынника люди, «благословения ради», которым он предсказал, что по представлению его на берегу реки Ветлуги «умножит Бог житие человеком, а на месте его жительства будут жить иноки».

Преподобный Варнава скончался в глубокой старости 11 июня 1445 г., иноки и бывшие ученики его построили две церкви: одну — в честь Пресвятой Троицы, а другую — над гробом преподобного во имя святителя Николая Чудотворца, и основали общежительный монастырь, получивший название «Варнавинской пустыни».